基因方面
凝血因子IX基因位于X染色体的长臂上。男性染色体存在一个单独的等位基因，而女性有两个等位基因系列。虽然携带者通常不表现出任何临床症状，但是有此携带者的血浆中凝血因子活性可能较低（低于50%，即50 U/dl）。
现有文献和利用分子生物学技术已证实存在大量因基因突变而导致B型血友病发生的病例。分子生物学技术目前被用于诊断典型特征病人、鉴定携带者和胎儿期的诊断。但是，这些基因学的研究往往只在专门研究机构中开展。
大约有三分之一的病人往往为基因新发突变引起的，而这些病人往往出现在一个尚未受到本病威胁的家庭。
生理学方面
凝血因子IX由肝脏合成。
凝血因子IX的合成需要维生素K的参与。在维生素K存在或者在进行维生素颉抗物治疗时凝血因子IX象其它维生素K依赖因子（凝血因子II、VII和X）一样，是以羧基蛋白的形式被合成的。这一由维生素K的缺失或颉抗物诱导的蛋白因子被称为PIVKA因子。
应用维生素K可以非常迅速地使PIVKA因子发生羧化反应，并纠正缓解维生素K获得性缺失症。
凝血因子IX是以游离形式存在于血浆中的。
出血症的严重程度与血浆中凝血因子的缺失程度密切相关。来自同一家族的不同成员患得血友病的严重程度通常是相同的。